Die coolen Agenten J und K sind zurück. 15 Jahre ist J schon bei den Men in Black, doch nun steht nicht nur das Leben seines Kollegen K, sondern das des gesamten Planeten auf dem Spiel. Deshalb muss J eine Zeitreise unternehmen und herausfinden, dass K ihn nicht in alle Geheimnisse des Universums eingeweiht hat. Doch in der Vergangenheit kann er sich mit dem jungen Agenten K zusammentun, um dessen Leben und die Zukunft der Menschheit zu retten.